Schon etwa um 1200 n. Chr. hat an der Stelle, wo heute die Bartholomäuskirche steht, ein diesem Apostel geweihtes Gotteshaus gestanden. Der Turm der jetzigen Kirche stammt aus dieser Zeit. Im Jahr 1341 n. Chr. wurden die Einwohner von Giebichenstein mit ihrer Kirche dem Kloster Neuwerk in Halle einverleibt.

Nach der Reformation ging das Patronat auf den Administrator des Erzstiftes Magdeburg über. Ab 1680 n. Chr. gehörten Burg, Cröllwitz und Giebichenstein zu Brandenburg. Unter diesem Patronat amtierte von 1738 - 1748 als “Kriegs- und Domänenrat” Herr Ochs von Ochsenstein. Er ließ das baufällige Kirchenschiff abreißen und die Kirche im preußischen Barockstil neu aufbauen. Ochs stiftete auch eine neue Orgel, erbaut von Contius, Halberstadt, und ließ viele Arbeiten auf eigene Rechnung durchführen.

Die heutige Orgel (22 Register) baute der Orgelbaumeister Wilh. Rühlmann, Zörbig. Sie wurde im Laufe der Jahre mehrmals, zuletzt 1992, gründlich durchgesehen und erneuert. Am 23. April 1683 wurden die Eltern von Georg Friedrich Händel in der Bartholomäuskirche getraut.

Händels Mutter war eine Tochter des Giebichensteiner Pfarrers Taust.